Fase de diseño y configuración que se  refiere a consolidar la caracterización, que permita explorar, conocer y comprender el territorio, los recursos disponibles, los actores que lo habitan y los contextos con los que cuenta, para poder establecer un marco de actuación que permita contar con un plan ecosistémico que materialice el alcance del propósito del ecosistema

Las alianzas estratégicas surgen como base fundamental de la gestación de los ecosistemas de innovación para la educación media, pensados como un mecanismo que fundamentalmente busca articular actores, estrategias y recursos, mediante políticas educativas integrales y soluciones innovadoras que favorezcan el acceso, la graduación y tránsito hacia las opciones educativas y laborales en la vida después de la educación media de los jóvenes colombianos en contextos de calidad y pertinencia y de manera que se generen esfuerzos intersectoriales con un enfoque de trabajo común y bajo unos
lineamientos armónicos que faciliten la gestión y operación en los territorios. La dinamización de los ecosistemas nacionales tiene como principal estrategia la movilización de aliados estratégicos, para lo cual son aspectos fundamentales vincular intereses, articular estrategias y recursos y generar espacios de encuentro para el intercambio de conocimientos y para la formalización de las conexiones mediante: manifestaciones de interés, acuerdo de voluntades convenios y alianzas.